COMMENT IDENTIFIER UNE BACTERIE ET DECRYPTER LES RESULTATS D’IDENTIFICATION ?

THÉORIE

• Les enjeux de l’identification. Rappels taxonomiques et métaboliques
• Evolution et adaptation : comment gérer cette contrainte en identification ? L’exemple des antibiotiques
• Quelques méthodes d’identification génétique : contexte d’utilisation, force et faiblesse.
• Taxonomie, identification, caractérisation : application à quelques grands groupes microbiens : entérobactéries, Pseudomonas, coques à Gram positif, Bacillus, Legionella.
• La conservation des souches est-elle compatible avec l’identification et/ou la caractérisation ?

TRAVAUX PRATIQUES

• Suivi de microorganismes issus de différents échantillons : lait cru, eau depuis leur isolement jusqu’à leur identification formelle
• Confrontation des informations bibliographiques et des contraintes environnementales associées aux prélèvements (paramètres physico-chimiques, zone de production)
• Déroulé de l’arbre de décision sur la base de tests biochimiques et classiques (Gram, auxanogramme, croissance dans différentes conditions), PCR et de résultats de séquençage