Nouveau Biotechnologies

BIOINFORMATIQUE MOLECULAIRE Analyse des séquences nucléiques et protéiques

Durée 3 jours 21 heures
Sessions
  • 13 - 15 septembre 2021
Lieu Lyon

Frais d’inscription
(déjeuner inclus)

1985 € HT

Public concerné

Techniciens, Techniciens Supérieurs, Ingénieurs, Chercheurs impliqués en biologie et santé

Objectifs

Découverte des outils et ressources bio-informatiques publiques pour mener une analyse de séquences
Savoir utiliser les logiciels de prédiction de gènes et d'annotation de protéines

Contenu pédagogique

  • Rappel des bases de données nucléiques existantes.
    • Génomes annotés tels que ENSEMBL, GOLD, NCBI…
    • Spécialités telles que GISAID…
    • Généralistes telles que Genbank, EMBL…

 

  • La nature d’informations stockées sur les bases de données
  • Les méthodes d’interrogations de ces bases (par mot-clés, par analyse de la séquence).
  • L’influence des paramètres des outils sur la recherche : dans une optique de rechercher la copie d’un gène dans un génome, aligner des ensembles de gènes au format FASTA, analyse multigénomes…
  • Les bases de données protéiques existantes: UniprotKB, NCBI
  • L’analyse des séquences nucléiques (et protéiques).
  • Revue des différents outils permettant l’analyse de séquences avec un focus particulier sur:
    •  l’alignement de séquences et la recherche de séquences homologues.
    • le design de primers: les outils existants, les paramètres à prendre en compte lors d’une recherche…
  • Etudes de cas et application ces outils à partir de cas précis:
    • recherche de gènes communs entre plusieurs souches ou encore spécifiques à une seule
    • impact de mutations sur la séquence nucléique, sur la séquence protéique
    • recherche à partir d’une séquence des gènes mono-copies, 2 copies, multicopies

Coordonnées

CPE Lyon Formation Continue

Campus Saint-Paul – Bâtiment F 10, Place des Archives – 69002 LYON

04.72.32.50.60