CHROMATOGRAPHIE LIQUIDE COUPLEE AVEC LA SPECTROMETRIE DE MASSE APPLIQUEE AUX PROTEINES

THEORIE

Chromatographie en phase liquide (LC)

• Brève révision des principes généraux de la chromatographie en phase liquide
• Appareillages

Spectrométrie de masse : principes fondamentaux nécessaires à la réalisation d’un couplage

• Description générale d’un spectromètre de masse :
  – Les différents modes d’ionisation et de source (Electrospray, MALDI)
  – Les analyseurs (Triple quadripôle, ToF, QqToF, QTrap, Orbitrap)
• Notion de masse, motif isotopique et résolution
• Mesure de masses de peptides et protéines en MS
• Spectrométrie de masse en tandem (Fragmentation des peptides et des protéines, modes d’activation)

Couplage LC-MS et LC-MS/MS

• Présentation des différentes configurations d’appareillages
• Conditions particulières liées à l’analyse de peptides et protéines

Applications du couplage LC-MS à l’étude des protéines

• Notions de base sur les protéines et peptides
• Traitement des échantillons protéiques
• Exemples d’identification, de quantification et de caractérisation (modifications post-traductionnelles)
• Traitement de données d’acquisition

Travaux pratiques en laboratoire

• Analyse d’échantillons protéiques par couplage LC-MS/MS
• Préparation de l’échantillon
• Choix des paramètres à optimiser (conditions chromatographiques, conditions d’ionisation, paramètres d’acquisition) :
  – Traitement de données MS
  – Interprétation spectrale
• Identification des protéines (choix de la base de données…) :
  – Pertinence des résultats
• Exemples d’application : répertoire de protéines d’un échantillon complexe, étude de cas