METHODES MODERNES D’IDENTIFICATION DES MICRO-ORGANISMES

Introduction

• Structure de la cellule et rappels sur les bactéries et champignons

Approches moléculaires dans l’identification : La PCR

• Principe de la PCR
• Point clefs du développement d’une approche PCR
• Autres PCR (PCR multiplexe, RT PCR)
• Choix de la cible
• Choix des amorces
• Limites de la PCR, faux positifs, faux négatifs
• Applications aux microorganismes : Bactérie et champignons

Approches moléculaires dans l’identification : La qPCR

• Principe de la qPCR
• Les sondes utilisables
• Choix des amorces
• Interprétation des résultats
• RT-qPCR
• Bonnes pratiques de laboratoire et guideline MIQE

Autres approches modernes d’identification, avantages, limites et applications

• Puces à ADN a usage diagnostic
• MLST
• Maldi-Tof

Mise en situation pratique

• Extraction d’ADN d’une bactérie (présentation de différents protocoles possibles)
• PCR Genre spécifique et PCR 16S (comparaison des 2 approches)
• Vérification sur gel d’électrophorèse
• Analyses de séquences et interprétation des résultats